Uprava za zaštitu bilja sastoji se iz 9 organizacionih jedinica:

Grupa za zaštitu biljnih sorti i biološku sigurnost

Grupa za međunarodnu saradnju i upravljanje projektima u oblasti bezbednosti hrane biljnog porekla u fitosanitarnoj oblasti

Odeljenje granične fitosanitarne inspekcije

Odeljenje za zdravlje bilja i biljni karantin

Odeljenje Fitosanitarne inspekcije

Odsek za pravne, opšte i finansijske poslove

Odsek za priznavanje sorti

Odsek za seme i sadni materijal

Odsek za sredstva za zaštitu i ishranu bilja