Управа за заштиту биља састоји се из 9 организационих јединица:

Група за заштиту биљних сорти и биолошку сигурност

Група за међународну сарадњу и управљање пројектима у области безбедности хране биљног порекла у фитосанитарној области

Одељење граничне фитосанитарне инспекције

Одељење за здравље биља и биљни карантин

Одељење Фитосанитарне инспекције

Одсек за правне, опште и финансијске послове

Одсек за признавање сорти

Одсек за семе и садни материјал

Одсек за средства за заштиту и исхрану биља