Одсек за средства за заштиту и исхрану биља обавља послове који се односе на:
- регистрацију и издавање дозвола за стављање у промет средстава за заштиту и исхрану биља;
- ограничење и забрану стављања у промет средстава за заштиту и исхрану биља;
- праћење резистентности штетних организама на средства за заштиту биља;
- праћење производње, промета и примене средстава за заштиту и исхрану биља, праћење пружања услуга у области средстава за заштиту биља и контролног тестирања уређаја за примену средства за заштиту биља;
- вођење регистара дистрибутера и увозника средстава за заштиту и исхрану биља и пружалаца услуга у области средстава за заштиту биља;
- праћење остатака средстава за заштиту биља у храни и храни за животиње и контролног тестирања уређаја за примену средстава за заштиту биља и припремање извештаја;
- израђује извештаје према међународним стандардима;
- успостављање и вођење информационог система у области средстава за заштиту и исхрану биља;
- прикупљање и сређивање статистичких података неопходних за рад у области средстава за заштиту и исхрану биља;
- припрему стручних основа за израду нацрта закона и предлога подзаконских аката и њихово усаглашавање са стандардима и препорукама међународних организација у области средстава за заштиту и исхрану биља;
- припрему елемената потребних за израду финансијског плана Управе који се односе на субвенције везане за средства за заштиту и исхрану биља;
- обавља и друге послове из ове области.