Odsek za sredstva za zaštitu i ishranu bilja obavlja poslove koji se odnose na:
- registraciju i izdavanje dozvola za stavljanje u promet sredstava za zaštitu i ishranu bilja;
- ograničenje i zabranu stavljanja u promet sredstava za zaštitu i ishranu bilja;
- praćenje rezistentnosti štetnih organizama na sredstva za zaštitu bilja;
- praćenje proizvodnje, prometa i primene sredstava za zaštitu i ishranu bilja, praćenje pružanja usluga u oblasti sredstava za zaštitu bilja i kontrolnog testiranja uređaja za primenu sredstva za zaštitu bilja;
- vođenje registara distributera i uvoznika sredstava za zaštitu i ishranu bilja i pružalaca usluga u oblasti sredstava za zaštitu bilja;
- praćenje ostataka sredstava za zaštitu bilja u hrani i hrani za životinje i kontrolnog testiranja uređaja za primenu sredstava za zaštitu bilja i pripremanje izveštaja;
- izrađuje izveštaje prema međunarodnim standardima;
- uspostavljanje i vođenje informacionog sistema u oblasti sredstava za zaštitu i ishranu bilja;
- prikupljanje i sređivanje statističkih podataka neophodnih za rad u oblasti sredstava za zaštitu i ishranu bilja;
- pripremu stručnih osnova za izradu nacrta zakona i predloga podzakonskih akata i njihovo usaglašavanje sa standardima i preporukama međunarodnih organizacija u oblasti sredstava za zaštitu i ishranu bilja;
- pripremu elemenata potrebnih za izradu finansijskog plana Uprave koji se odnose na subvencije vezane za sredstva za zaštitu i ishranu bilja;
- obavlja i druge poslove iz ove oblasti.